Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
USP53Q70EK8 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms