Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
COL6A1P12109 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms