Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
LIMCH1Q9UPQ0 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
LIMCH1Q9UPQ0 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms