Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VSX1Q9NZR4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC21.33■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC21.3■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VSX1Q9NZR4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms