Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SCN3AQ9NY46 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN3AQ9NY46 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms