Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
ZNF541Q9H0D2 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC29.38■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC29.34■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ZNF541Q9H0D2 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
ZNF541Q9H0D2 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
ZNF541Q9H0D2 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms