Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC28BQ9BUN5 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC28BQ9BUN5 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 316.9 ms