Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC36.8■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.77■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC36.77■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC36.77■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC36.76■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC36.75■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC36.75■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC36.74■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.73■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC36.72■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC36.71■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
TCOF1Q13428 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC36.69■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.69■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC36.69■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC36.68■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC36.67■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC36.67■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC36.67■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC36.66■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC36.66■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC36.66■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC36.65■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
TCOF1Q13428 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC36.63■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC36.63■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC36.63■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC36.62■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC36.61■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC36.61■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.6■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.6■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.58■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.58■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
TCOF1Q13428 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
TCOF1Q13428 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
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