Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
PKNOX1P55347 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PKNOX1P55347 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PKNOX1P55347 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms