Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
FOXA1P55317 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
FOXA1P55317 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
FOXA1P55317 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms