Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VPS41P49754 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS41P49754 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS41P49754 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS41P49754 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
VPS41P49754 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS41P49754 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS41P49754 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VPS41P49754 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS41P49754 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS41P49754 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS41P49754 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS41P49754 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS41P49754 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS41P49754 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS41P49754 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS41P49754 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS41P49754 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS41P49754 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS41P49754 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS41P49754 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS41P49754 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS41P49754 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS41P49754 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS41P49754 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS41P49754 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS41P49754 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS41P49754 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS41P49754 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS41P49754 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS41P49754 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS41P49754 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS41P49754 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS41P49754 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS41P49754 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS41P49754 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS41P49754 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS41P49754 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS41P49754 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS41P49754 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS41P49754 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS41P49754 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS41P49754 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS41P49754 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS41P49754 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS41P49754 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS41P49754 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS41P49754 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS41P49754 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS41P49754 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS41P49754 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS41P49754 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS41P49754 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS41P49754 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS41P49754 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS41P49754 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS41P49754 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS41P49754 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS41P49754 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS41P49754 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS41P49754 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms