Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SMARCA1P28370 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
SMARCA1P28370 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SMARCA1P28370 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.8 ms