Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCANP13611 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCANP13611 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCANP13611 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCANP13611 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VCANP13611 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCANP13611 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
VCANP13611 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCANP13611 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCANP13611 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCANP13611 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
VCANP13611 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
VCANP13611 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VCANP13611 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
VCANP13611 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCANP13611 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCANP13611 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCANP13611 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCANP13611 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
VCANP13611 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
VCANP13611 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
VCANP13611 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
VCANP13611 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCANP13611 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCANP13611 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCANP13611 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCANP13611 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VCANP13611 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VCANP13611 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VCANP13611 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VCANP13611 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCANP13611 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCANP13611 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCANP13611 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VCANP13611 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCANP13611 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCANP13611 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
VCANP13611 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCANP13611 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCANP13611 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCANP13611 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
VCANP13611 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCANP13611 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCANP13611 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
VCANP13611 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCANP13611 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCANP13611 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCANP13611 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCANP13611 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VCANP13611 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VCANP13611 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCANP13611 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCANP13611 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
VCANP13611 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCANP13611 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCANP13611 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCANP13611 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCANP13611 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCANP13611 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCANP13611 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCANP13611 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
VCANP13611 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCANP13611 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCANP13611 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCANP13611 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCANP13611 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCANP13611 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCANP13611 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
VCANP13611 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
VCANP13611 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCANP13611 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCANP13611 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCANP13611 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCANP13611 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCANP13611 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCANP13611 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCANP13611 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
VCANP13611 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms