Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMCH1Q9UPQ0 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms