Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC112Q8NEF3 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC112Q8NEF3 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms