Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
TCOF1Q13428 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
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