Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
SDC1P18827 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
SDC1P18827 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
SDC1P18827 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
SDC1P18827 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
SDC1P18827 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms