Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
TRIM4Q9C037 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
TRIM4Q9C037 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms