Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
RPUSD4Q96CM3 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
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