Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HLA-CQ95604 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms