Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms