Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HERPUD2Q9BSE4 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms