Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CCDC87Q9NVE4 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms