Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms