Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms