Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.8 ms