Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms