Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
VPS29Q9UBQ0 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms