Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms