Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms