Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms