Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
VPS4AQ9UN37 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms