Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC54Q8NEL0 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CCDC54Q8NEL0 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms