Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP28Q96RU2 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP28Q96RU2 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
USP28Q96RU2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
USP28Q96RU2 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP28Q96RU2 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms