Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC32.93■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC32.92■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC32.91■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC32.91■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.9■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.89■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC32.89■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
USP54Q70EL1 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC32.88■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC32.86■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC32.83■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
USP54Q70EL1 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC32.82■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC32.81■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC32.8■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC32.79■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC32.79■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC32.79■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC32.78■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC32.77■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC32.76■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
USP54Q70EL1 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC32.75■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
USP54Q70EL1 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms