Protein–RNA interactions for Protein: Q01581

HMGCS1, Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, cytoplasmic, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGCS1Q01581 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HMGCS1Q01581 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HMGCS1Q01581 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
HMGCS1Q01581 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms