Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIM2P55344 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIM2P55344 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23■■□□□ 1.27
LIM2P55344 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIM2P55344 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIM2P55344 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIM2P55344 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
LIM2P55344 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIM2P55344 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIM2P55344 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIM2P55344 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIM2P55344 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIM2P55344 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIM2P55344 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIM2P55344 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIM2P55344 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIM2P55344 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIM2P55344 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIM2P55344 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIM2P55344 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIM2P55344 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIM2P55344 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
LIM2P55344 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIM2P55344 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIM2P55344 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIM2P55344 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIM2P55344 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIM2P55344 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIM2P55344 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIM2P55344 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIM2P55344 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIM2P55344 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIM2P55344 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIM2P55344 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIM2P55344 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIM2P55344 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIM2P55344 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIM2P55344 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIM2P55344 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIM2P55344 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIM2P55344 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIM2P55344 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIM2P55344 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIM2P55344 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIM2P55344 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIM2P55344 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIM2P55344 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIM2P55344 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIM2P55344 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIM2P55344 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIM2P55344 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIM2P55344 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIM2P55344 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIM2P55344 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIM2P55344 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIM2P55344 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LIM2P55344 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIM2P55344 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIM2P55344 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LIM2P55344 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIM2P55344 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIM2P55344 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.2 ms