Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
CTCFP49711 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CTCFP49711 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
CTCFP49711 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
CTCFP49711 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
CTCFP49711 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CTCFP49711 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
CTCFP49711 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CTCFP49711 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CTCFP49711 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CTCFP49711 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CTCFP49711 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CTCFP49711 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CTCFP49711 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
CTCFP49711 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CTCFP49711 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CTCFP49711 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CTCFP49711 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CTCFP49711 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CTCFP49711 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CTCFP49711 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CTCFP49711 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CTCFP49711 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CTCFP49711 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CTCFP49711 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CTCFP49711 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CTCFP49711 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CTCFP49711 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CTCFP49711 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CTCFP49711 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CTCFP49711 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CTCFP49711 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CTCFP49711 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CTCFP49711 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CTCFP49711 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CTCFP49711 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CTCFP49711 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CTCFP49711 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CTCFP49711 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CTCFP49711 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CTCFP49711 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CTCFP49711 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CTCFP49711 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CTCFP49711 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CTCFP49711 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CTCFP49711 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CTCFP49711 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CTCFP49711 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CTCFP49711 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CTCFP49711 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
CTCFP49711 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
CTCFP49711 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CTCFP49711 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CTCFP49711 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CTCFP49711 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CTCFP49711 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
CTCFP49711 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CTCFP49711 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CTCFP49711 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CTCFP49711 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CTCFP49711 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CTCFP49711 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CTCFP49711 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CTCFP49711 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CTCFP49711 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
CTCFP49711 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CTCFP49711 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CTCFP49711 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CTCFP49711 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
CTCFP49711 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CTCFP49711 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CTCFP49711 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
CTCFP49711 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CTCFP49711 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CTCFP49711 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CTCFP49711 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CTCFP49711 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CTCFP49711 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CTCFP49711 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CTCFP49711 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CTCFP49711 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CTCFP49711 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms