Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SCN4AP35499 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
SCN4AP35499 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
SCN4AP35499 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms