Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
SHMT2P34897 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SHMT2P34897 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SHMT2P34897 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms