Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SDC4P31431 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC4P31431 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC4P31431 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC4P31431 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SDC4P31431 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SDC4P31431 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC4P31431 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SDC4P31431 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC4P31431 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC4P31431 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC4P31431 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC4P31431 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC4P31431 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC4P31431 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SDC4P31431 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SDC4P31431 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDC4P31431 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDC4P31431 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDC4P31431 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDC4P31431 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SDC4P31431 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDC4P31431 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDC4P31431 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDC4P31431 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDC4P31431 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SDC4P31431 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SDC4P31431 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC4P31431 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC4P31431 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC4P31431 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SDC4P31431 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SDC4P31431 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC4P31431 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SDC4P31431 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC4P31431 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC4P31431 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC4P31431 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC4P31431 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC4P31431 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC4P31431 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SDC4P31431 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SDC4P31431 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SDC4P31431 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SDC4P31431 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SDC4P31431 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC4P31431 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC4P31431 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC4P31431 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC4P31431 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC4P31431 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC4P31431 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SDC4P31431 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SDC4P31431 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC4P31431 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC4P31431 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC4P31431 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC4P31431 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SDC4P31431 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SDC4P31431 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SDC4P31431 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SDC4P31431 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SDC4P31431 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SDC4P31431 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SDC4P31431 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SDC4P31431 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SDC4P31431 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms