Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
COL8A1P27658 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL8A1P27658 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
COL8A1P27658 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
COL8A1P27658 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL8A1P27658 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
COL8A1P27658 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
COL8A1P27658 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL8A1P27658 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
COL8A1P27658 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL8A1P27658 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COL8A1P27658 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
COL8A1P27658 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
COL8A1P27658 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL8A1P27658 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COL8A1P27658 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COL8A1P27658 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
COL8A1P27658 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.29■■□□□ 1
COL8A1P27658 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COL8A1P27658 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL8A1P27658 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL8A1P27658 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COL8A1P27658 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COL8A1P27658 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COL8A1P27658 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COL8A1P27658 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COL8A1P27658 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL8A1P27658 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL8A1P27658 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL8A1P27658 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COL8A1P27658 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC21.27■■□□□ 1
COL8A1P27658 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COL8A1P27658 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL8A1P27658 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.9 ms