Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A1P20849 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL9A1P20849 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL9A1P20849 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms