Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
NUP88Q99567 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.8 ms