Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL4A3Q01955 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms