Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIG3P49916 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIG3P49916 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms