Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 TK2-221ENST00000620035 5060 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC13.78□□□□□ -0.2
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RPUSD4Q96CM3 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC13.77□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.2
RPUSD4Q96CM3 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
RPUSD4Q96CM3 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
RPUSD4Q96CM3 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
RPUSD4Q96CM3 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
RPUSD4Q96CM3 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.21
RPUSD4Q96CM3 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.21
RPUSD4Q96CM3 SMARCA2-203ENST00000349721 5761 ntTSL 5 BASIC13.77□□□□□ -0.21
RPUSD4Q96CM3 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC13.77□□□□□ -0.21
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