Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
VPS54Q9P1Q0 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms