Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CHMP4AQ9BY43 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms