Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USP53Q70EK8 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
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